La Reserva Nacional de Junín se ubica en los distritos de Carhuamayo, Ondores y Junín de la Provincia de Junín y los distritos de Ninacaca y Vicco de la Región Pasco. Tiene un área de 53 000 ha., predominan terrenos casi planos con algunas colinas y cerros por el SO, O y NE del lago. La Reserva tiene como objetivos la conservación de la flora, fauna silvestre y belleza escénica del Lago Junín, el segundo lago más grande del Perú; con 149 especies de aves identificadas. Busca contribuir al bienestar de los pobladores del ámbito de la Reserva conservando sus recursos naturales para un aprovechamiento sostenible. Características físicas: Fisiografía: Predominan terrenos casi planos que bordean las orillas N, E y S. Las orillas SO, O y NE están dominadas por colinas y cerros que varían de 50 a 150 metros de elevación sobre las aguas del Lago. Geología: Las unidades geológicas presentes corresponden a rocas sedimentarias del cuaternario reciente, formados por depósitos morrénicas y fluvioglaciales que rellenan las depresiones y hondonadas constituidas por conglomerados y arcillas. Suelos: Son principalmente histosoles eutricos desarrollados a partir de sedimentos lacustres con una topografía casi a nivel. Clima: Característico de la puna con temperatura promedio de 6°C, sin embargo, existen grandes diferencias entre el día y la noche, ablandadas por el efecto termorregulador del gran espejo de agua. Presenta dos épocas marcadamente distintas al año; los meses de lluvia de setiembre a marzo caracterizado por frecuentes precipitaciones (lluvia, granizo y nevadas) con días mayormente nublados. Hidrografía: El lago Junín segundo en extensión en el país pertenece a la cuenca hidrográfica del Mantaro, recibe aguas provenientes de lagunas y puquios, siendo los principales afluentes el Yahuarmayo, Maraychaca, Condorcocha y Chacachipampa. El lago posee una extensión aprox. de 14,320 ha. contando la zona de totorales. Pese a su extensión tiene una profundidad máxima de 12 m frente a Huayre. Características Biológicas Flora: El lago y las áreas adyacentes muestran un paisaje alto andino o puna inferior, con asociaciones vegetales naturales como los pajonales densos, bofedales u oconales, césped de puna y totorales. La vegetación predominante está representada por poáceas distribuidas en matas, como el "crespillo" Calamasgostris sp, especies de Festuca sp. y Stipa brachyphylla, conocidos comúnmente como ichu, así como por totorales conformados por dos especies Scirpus californicus y Juncus articus que llegan a medir 2 m. conformando islotes, varias plantas poseen propiedades medicinales como la huamanpinta, llacllahuasca, antañahui, turpa, altea, hercampuri y ortiga crespa. En el espejo de agua del lago existen plantas acuáticas sumergidas como Myriophyllum sp., Elodea potamogeton y ultricularia, algas de los géneros Chara, Scytonema, diatomeas y plantas flotantes de los géneros Lema, Spirodela y Azolla. Fauna: El lago Junín se caracteriza por albergar diversidad de aves. Entre ellas el Zambullidor de Junín Podiceps takzanowskii, una de las especies más importantes del lago por ser endémico y en peligro de extinción. Así como 36 especies representativas de la región andina, destacan el pato sutro Anas flavirostris, pato jerga Ana georgica, pato puna Anas puna, gaviota Larus serranus, huaco Nycticorax nycticorax, garza bueyera Bulbucus ibis, polla de agua Gallinula chloropus, flamenco Phoenicopterus chilensis, yanavico Plegadisridqweyi, siete colores Tachuris rubrigastra, gallareta entre otras. En los ríos y lago se encuentran peces como chalhuas y bagres. Los anfibios están representados por varias especies de anuros, siendo la más conocida la Rana de Junín Telmatobius macrostomus. Entre los mamíferos se encuentran el cuy silvestre Cavia tschudii, gato andino Oncifelis colocolo, vizcacha Lagidium peruvianumel, zorrino o añas Conepatus chinga.

La Reserva Nacional de Junín, alberga al Zambullidor de Junín (Podiceps taczanowskii (Berlepsch y Stolzmann, 1894)), especie endémica del Perú, que se le encuentra únicamente en el lago Junín. No existen subpoblaciones naturales o artificiales en otros lagos altoandinos (Libro Rojo de la Fauna Silvestre Amenazada del Perú – SINIA), por lo cual se considera a esta especie única en el mundo. Asimismo, se encuentra la Gallineta de Junín (Laterallus jamaicensis tuerosi (Fjedsá 1983)), también especie endémica del Perú. Esta ave solo ha sido observada a orillas del lago. (http://perubirds.org/rutas_Lago_de_Junin.shtml)

La Reserva Nacional de Junín ha sido designada como Sitio RAMSAR el 20 de enero de 1997 por la Convención de RAMSAR (Acuerdo internacional que promueve la conservación y el uso racional de los humedales). El ANP Reserva Nacional de Junín, fue establecida mediante Decreto Supremo Nº 0750-74-AG de fecha 7 de agosto de 1974, forma parte del Sistema Natural de Áreas Protegidas por el Estado bajo la jurisdicción del SERNANP.

Regular, debido a la contaminación del espejo de agua por la zona norte, debido a relaves mineros que ingresan por el río San Juan y de las partes circundantes por las aguas servidas de los diferentes centros poblados ubicados alrededor de la Reserva Nacional de Junín.

Ubicada en la meseta del Bombóm, en una extensa altiplanicie situada sobre el Nudo de Pasco, donde convergen las cordilleras del norte y del centro, la mayor parte ocupada por el lago Junín o Chinchaycocha.