Francisco Antonio de Zela nació el 24 de julio de 1768 en Lima, Perú. Sus padres fueron Alberto de Zela y Neyra y María Mercedes Arizaga y Hurtado de Mendoza. La familia Zela-Arizaga tuvo cinco hijos: María Tadea, Bartolomé José, Feliciano Antonio, Francisco Antonio y Juan Miguel.

Su padre fue enviado en 1771 a Cailloma para desempeñarse como balanzario, un puesto muy importante para la economía del virreinato, cuya función era fundir la plata que llegaba desde los centros mineros para ser convertida en barras que posteriormente eran enviadas a las Cajas Reales de la burocracia virreinal. Años más tarde, en 1779, fue trasladado a Tacna.

En ese entonces, Francisco ya había iniciado sus estudios en Lima y a los dieciocho años se trasladó a Tacna para conocer los secretos del oficio de su padre. Inicialmente trabajó como Guardia Subalterno de las Cajas Reales y también como encargado del resguardo del Real Estanco de Tabacos

Tras la muerte de su padre, el 18 de septiembre de 1792, Francisco se convirtió en el principal candidato para el puesto de balanzario, ya que este cargo era heredado en esa época. No es hasta el año siguiente, cuando cumplió 25 años, que la Corona ratificó su nombramiento, pasando a ocupar el puesto mencionado “en propiedad”, es decir, como titular.

Se casó en junio de 1796 con María Natividad Siles y Antequera, y tuvieron nueve hijos: cinco varones y cuatro mujeres. En 1794 inició una larga amistad con Cipriano de Vargas  quien fue un personaje de suma importancia en la rebelión de 1811, al ser nombrado por su compadre como administrador de correos.

Desde 1810, Ramón Copaja y Francisco de Zela fueron los contactos de los patriotas argentinos, encabezados por Castelli, dado que la región sur del virreinato fue la que recibió de manera más fluida la influencia de los hechos acaecidos en la Junta de Buenos Aires en 1810, como la revolución de mayo y la destitución del virrey del Río de la Plata.

Fue notable por realizar primer intento de la Independencia del Perú en la ciudad de Tacna, el 20 de junio de 1811. Francisco Antonio de Zela fue apoyado por un grupo de criollos, mestizos e indios, entre ellos los caciques de Tacna, Toribio Ara y su hijo José Rosa Ara, y el cacique de Tarata, Ramón Copaja.

Los argentinos enviaron un ejército a Charcas, bajo el mando del general Antonio González Balcarce y el abogado Juan José Castelli. Desde allí enviaron proclamaciones a varias ciudades del Perú, como invitación a que se sumen a la revolución. La ciudad de Tacna fue la primera en responder bajo la dirección de Francisco Antonio de Zela, ocupando el cuartel de caballería Regimiento Dragones del Rey.

Esa misma fecha, las fuerzas españolas derrotaron al ejército argentino en la Batalla de Huaqui, al borde del Lago Titicaca, y Francisco Antonio de Zela nunca recibió la ayuda necesaria. Estas noticias causaron un problema en las tropas de Francisco Antonio De Zela y, como consecuencia, fueron derrotados por los españoles. Capturaron a los líderes principales de la rebelión y fue condenado al destierro y prisión por diez años en Chagres, en Panamá, donde murió, según diversos autores, el 28 de julio de 1821.